КЭУ является одним из первых вузов Кыргызстана по вхождению в Болонский процесс и деятельность его ориентирована на международные стандарты образования. Это позволяет выпускникам, бакалаврам и магистрам, получать  Европейское приложение к диплому (Diploma Supplement), что дает возможность свободного трудоустройства в странах СНГ и Европы. Университет является членом многих международных ассоциаций вузов, таких как Евродип, EdNet, DAAD, Фонд Сорос-Кыргызстан, Сети CANGA и Аccels. Благодаря этому вуз осуществляет взаимообмен студентов и преподавателей, организует научные стажировки, совместные исследования.

      В рамках проекта CANGA (Центрально-Азиатская сеть гарантии качества и аккредитации) университет в 2012 году прошел международную аккредитацию и получил сертификат качества по направлениям «Менеджмент» и «Экономика».

      Согласно принятой «Стратегии развития образования в Кыргызской Республике на 2012-2020 годы», основным приоритетным направлением политики в сфере высшего образования является совершенствование системы гарантии качества образования.

      Обеспечение высокого качества образования на основе сохранения его фундаментальности и соответствия актуальным и перспективным потребностям личности, общества, государства является главной задачей Кыргызского экономического университета им. М. Рыскулбекова. Для решения данной задачи в университете функционирует Отдел обеспечения качества образования, основной сферой деятельности которого является внедрение системы менеджмента качества образования, системы внутренней гарантии качества и подготовка вуза к прохождению национальной и международной аккредитациям.

      Основными целями деятельности отдела являются: построение, поддержание в рабочем состоянии и совершенствование системы менеджмента качества, обеспечение реализации политики университета в области управления качеством, а также обеспечение процедур лицензирования, государственной и международной аккредитаций вуза.

      Для достижения поставленных целей отдел решает следующие задачи:

- оптимизация всех рабочих процессов университета;

- организация документационного обеспечения системы управления качеством университета;

- организационно-методическое и информационное обеспечение подготовки и проведения лицензирования, государственной и международной аккредитации университета и отдельных образовательных программ;

- разработка технологий для организации и проведения мониторинговых исследований качества деятельности университета;

- организация мониторинга качества функционирования основных и вспомогательных процессов в университете;

- внутривузовский мониторинг выполнения лицензионных требований и аккредитационных показателей для высшего учебного заведения и по отдельным профессиональным образовательным программам.

      Отделом обеспечения качества образования  проводится работа по подготовке вуза к Международной независимой и национальной аккредитациям и внедрение системы менеджмента качества(СМК).

      В рамках работы по повышению качества образовательного процесса сформирован «Совет по качеству», куда вошли руководители структурных подразделений и заведующие ведущих кафедр. Подготовлен обновленный пакет документов к самооценке университета с учетом замечаний прошедшей аккредитации. Предстоящая самооценка деятельности вуза предполагает привлечение к данной работе внешних экспертов, что является принципиально новым в этом деле. Работа Отдела  обеспечения качества образования организуется на основе годового плана действий, который составляется с учетом рекомендаций и предложений заинтересованных сторон. Согласно плану отдела, университет 2 раза в год планирует проводить аудиторскую проверку качества образовательного процесса, что должно качественно повысить работу всех структурных подразделений и кафедр.

      В результате выработки данной стратегии качества, КЭУ получает эффективный инструмент по обеспечению качества образования.